基本的に二世帯住宅を検討する場合には、最悪のことを想定しておくに限ります。仲良く2世帯が暮らせるなどというのは妄想だと思った方が良いです。所詮他人なのですから、都合の良い期待は早いうちに捨てた方が皆のためです。するとおのずと答えが出ます。
間違いないのは完全分離型の2世帯住宅。キッチン・風呂・トイレ・洗面すべての設備、そして玄関がそれぞれに存在するのはもちろんのことですが、可能であれば内部でお互いの世帯に行き来ができないようにしておくべきだと思います。つまりお互い自分の玄関から一度出て、相手の玄関から入らないと行き来が出来ないようなスタイルです。独立した2戸の家がたまたまくっついて建っているだけという感じです。
それでも万が一の時、お互いに助けを借りたい時にはすぐに行き来ができるわけですから安心感というメリットは十分にあるはずです。玄関を通るということがひとつのケジメとなりお互いを尊重しあう雰囲気も作られます。また将来的に親世帯が先立たれたとか、息子世帯が転勤をせざるを得ないような状況になり住まい方が変わった時にも、一戸だけを賃貸として貸すというようなことも出来る訳でやはり安心と言えます。
また、構造によっては大きな一軒の家ではなく小さな2件の家とみなされますので、それぞれに税制の優遇を受けることが出来るため経済的にも有利になる場合もあります。そのような考え方を基本にすると、間取りなどで気をつけなければならないことはおのずと明らかになってきます。
賃貸住宅などでも隣人とトラブルになる元は基本的には生活時間のズレによって生じる音の問題です。これをクリアするようにすればいいだけです。2つの世帯のお互いの収納同士や、風呂キッチンなどの設備同士が接するように間取りをつくればあまり気にならないはずです。